Так там и нет неопределённости, просто один и тот же путь может быть записан двумя способами - более длинным или более компактным. Имхо - важен конечный результат. Но тут опять на сцену выходят всё те же фломастеры...

Лично мне не нравится такое дублирование:
>создавать отдельный каталог, в который копировать “чистые” файлы основного меню и сопутствующие им (т.е. mnl, dll), устанавливать эту копию в качестве основного файла меню и уже потом подгружать свои файлы.

Поэтому третий, достаточно простой вариант, устраняющий обозначенный выше дубляж: иметь один основной файл меню и произвольное количество частичных. Каждый раз при завершении работы AutoCAD выполнять автоматическую программную выгрузку всех частичных меню, что по факту удалит соответствующие записи из основного меню. А при запуске AutoCAD выполнять автоматическую загрузку тех файлом частичных меню, которые прописаны в ветке реестра текущего профиля AutoCAD.

Положительные момент решения: основной файл меню присутствует в одном экземпляре, а не продублирован во множестве каталогов, как было предложено тобой. Как следствие, если нужно будет подправить основной файл меню - достаточно будет сделать это с одним файлом - все изменения подхватятся во всех имеющихся профилях.

Реализация обозначенного выше варианта достаточно проста и компактна. Хотя, как говорится, на вкус и цвет все фломастеры разные.

Попробую пояснить его: даже если %AppData% развернётся в так называемом "формате 8.3" (см. http://support.microsoft.com/kb/142982/ru ), что в твоём примере обозначено как C:\DOCUME~1\DOMAIN~2, то что в этом страшного? Главное, что операционная система сможет найти нужный каталог по этой записи.