Опять же из документации: "В режиме пошагового сохранения изменений обновляются только те фрагменты уже сохраненного файла чертежа, которые были изменены.
При использовании режима сохранения изменений файлы чертежей содержат определенный процент неиспользуемого дискового пространства. Этот процент увеличивается с каждым сохранением, пока не достигнет установленного максимума, после чего производится полное сохранение.
Для уменьшения размера файлов чертежей рекомендуется производить полное сохранение (переменной ISAVEPERCENT должно быть присвоено значение 0) перед передачей или архивацией файлов."

И, тоже из документации: "Процент для быстрых сохранений
Максимально допустимый объем устаревшей информации, хранимой в файле чертежа, при быстрых (пошаговых) сохранениях его изменений. При этом часть устаревшей информации удаляется из файла чертежа. При последовательном сохранении скорость процесса выше, но при этом увеличивается размер чертежа.
(системная переменная ISAVEPERCENT)
При установке в данном поле значения 0 каждое пошаговое сохранение будет выполняться в объеме полного сохранения. Для оптимизации производительности следует установить значение 50. При недостатке места на диске значение следует снизить до 25. Установка значения 20 или ниже значительно снижает производительность при выполнении команд СОХРАНИТЬ и СОХРАНИТЬ КАК.".

Т.е. мне кажется при значении ISAVEPERCENT=0 при автосохранении будет всегда выполнятся полное сохранение. А если ISAVEPERCENT>0, то сохранение и автосохранение будет частичным (т.е. сохранение только измененных объектов) до тех пор, пока размер накопленных изменений не превысит установленный размер и не займет все неиспользуемое пространство в чертеже. Когда превысит, тогда будет произведено полное сохранение. Т.е. при работе с насыщенными чертежами ISAVEPERCENT=0 приведет к более долгому сохранению и автосохранению, т.к. каждый раз будет выполняться полное, с перезаписью всех объектов.

Возможно я не прав, запутанное объяснение в документации по этой переменной).